La Comisión Permanente es el órgano de gobierno, de carácter permanente del Partido y le corresponde dirigir toda la actividad interna y externa del Partido y ejecutar los acuerdos del Congreso y del Consejo Ejecutivo. Se reúne previa convocatoria de su Presidente, que también podrá ser solicitada por dos tercios de sus miembros.

Está integrada por:

- El Presidente.
- El Vicepresidente.
- El Secretario General.
- Los Secretarios de Área.
- Cada uno de los Coordinadores Territoriales.
- Los Presidentes del Gobierno y del Parlamento de La Rioja, si son miembros del Partido.
- Los Diputados del Congreso y los Senadores que sean miembros del Partido.
- El Presidente y el Portavoz del Grupo Parlamentario en el Parlamento de La Rioja.
- Los Portavoces de los Grupos Municipales del Partido Riojano en ayuntamientos de más de diez mil habitantes.
- El Presidente de  "Juventudes Riojanas"